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Tipo: Tese
Título: Alternativas para avaliação genética na raça gir leiteiro
Título(s) alternativo(s): Alternatives for genetic evaluation in gyr cattle
Autor(es): Reis Filho, João Cruz
Primeiro Orientador: Euclydes, Ricardo Frederico
Primeiro coorientador: Torres, Robledo de Almeida
Segundo coorientador: Verneque, Rui da Silva
Primeiro avaliador: Toral, Fábio Luiz Buranelo
Segundo avaliador: Vercesi Filho, Aníbal Eugênio
Abstract: Os arquivos de pedigree e de produção de leite da raça Gir provenientes do Programa Nacional de Melhoramento do Gir Leiteiro (PNMGL), conduzido pela Embrapa Gado de Leite em parceria com a Associação Brasileira dos Criadores de Gir Leiteiro (ABCGIL), foram utilizados na pesquisa de alternativas para avaliação genética da produção de leite na raça e fornecimento de subsídios para o desenvolvimento do PNMGL. Foram realizados estudos comparativos das avaliações genéticas para a produção de leite acumulada em 305 dias de lactação (PL305), por meio de modelos de regressão aleatória e de repetibilidade - este último considerado o método tradicional - e estudos com a produção de leite no dia do controle (PLDC), por meio de modelos autorregressivo e de repetibilidade, que também foram comparados com o método tradicional. Também, estudaram-se a possibilidade de incorporação de lactações com causas de secagem não convencionais (morte ou separação do bezerro, doença, morte ou venda da vaca e retirada da vaca do controle leiteiro) e o relacionamento genético dos touros provados com a população, visando fornecer subsídios para a escolha de touros jovens para o teste de progênie. Na edição do arquivo de dados, somente as trêsprimeiras lactações foram mantidas, eliminando-se também lactações cuja idade da vaca ao parto estivesse fora do intervalo de 24 e 66, 36 e 84, 48 e 102 meses para primeira, segunda e terceira ordens de parto, respectivamente. Os controles cujas produções estiveram abaixo ou acima de 3,5 desvios-padrão da média no dia do controle foram eliminados. Lactações com três ou menos controles também foram excluídas. Da mesma forma, observou-se o número mínimo de três lactações para cada classe de efeito fixo. Os efeitos fixos incluídos nos modelos variaram conforme as análises, podendo conter rebanho-ano do parto, mês do parto ou mês e ano do controle, ordem de parto ou classe de dia do controle aninhado em ordem de parto, número de ordenhas diárias e condições de manejo. No caso das análises com PLDC, os controles foram agrupados em 31 classes de dias em lactação (por ordem de parto), com a primeira classe compreendendo as produções aferidas entre o 6º e o 10º dia, a segunda do 11º ao 20º dia e, assim, sucessivamente com intervalos de 10 dias, em que a última classe continha somente as produções aferidas entre o 301º e o 305º dia de lactação. Em média, cada vaca apresentou oito controles por lactação, independentemente da ordem de parto. À exceção do arquivo com as causas de secagem não convencionais, que utilizou 140.369 controles de 17.733 lactações de 10.900 vacas, os demais arquivos de análises utilizaram a PL305 de 15.065 lactações ou respectivos 125.191 controles, provenientes de 9.242 vacas. Os partos de vacas da raça Gir submetidas a duas ou três ordenhas diárias ocorreram entre 1983 e 2009, em três diferentes níveis de manejo: o extensivo (produção a pasto), o semiextensivo (produção a pasto com suplementação concentrada) e o intensivo (animais confinados e, ou, com uso de substâncias galactogênicas). Um algoritmo recursivo foi utilizado para reduzir o arquivo de pedigree de 50.371 para 17.483 animais considerados informativos, partindo-se do arquivo de produção de 10.900 vacas e buscando todos os seus ascendentes que estivessem ligados a pelo menos dois animais na base de dados. As avaliações genéticas foram feitas usando-se os programas dos sistemas MTDFREML (modelos de repetibilidade), REMLF90 (modelo de regressão aleatória) e rotinas do MATLAB (modelo autorregressivo). Utilizando as PL305 das três primeiras lactações, o modelo de regressão aleatória pode ser utilizado como alternativa para incrementar a precisão das avaliações genéticas, proporcionando maiores estimativas de herdabilidade (de 0,26 a 0,28), méritos genéticos preditos semelhantes (correlações acima de 0,97) e alta coincidência entre os animais selecionados (acima de 92%), em comparação com o modelo tradicional de repetibilidade. Utilizando a produção de leite no dia docontrole das três primeiras lactações, o modelo autorregressivo proporcionou menores variâncias residuais, maior variância genética aditiva e maiores estimativas de herdabilidades (de 0,26 a 0,32), além de méritos genéticos preditos com maior acurácia, sendo alternativa recomendada para a avaliação genética do Gir Leiteiro, em comparação com os modelos de repetibilidade, que utilizaram tanto a PLDC quanto a PL305, cujas estimativas de herdabilidade foram 0,18 e 0,24, respectivamente. Nesse sentido, o emprego do modelo autorregressivo, por analisar os registros de produção de leite no dia do controle, permite melhor aproveitamento dos dados e a inclusão de lactações tradicionalmente não utilizadas nas avaliações genéticas, o que pode incrementar a acurácia dos méritos genéticos preditos (em geral, média de 5%) sem, contudo, gerar grandes alterações na classificação dos animais avaliados (no arquivo completo, correlações amostrais e de ordem acima de 95%). Por fim, a estimativa do coeficiente de endogamia médio para a população ativa do Gir Leiteiro foi de 1,04%, indicando a tendência de os animais mais endogâmicos não permanecerem nos rebanhos. A utilização do coeficiente de relação médio dos touros com a população pode prevenir o incremento da endogamia na raça Gir, por auxiliar na escolha de reprodutores candidatos ao teste de progênie, oriundos de linhagens menos representadas no PNMGL.
Pedigree and milk production files from the National Brazilian Dairy Gyr Breeding Program (PNMGL), led by Embrapa Dairy Cattle in partnership with the Brazilian Association of Dairy Gyr Breeders (ABCGIL) were used in research alternatives for the genetic evaluation of milk production in the breed and to provide subsidies for the development of PNMGL. Comparative studies of genetic evaluations for cumulative 305 days milk yields (PL305), using random regression and repeatability models - the latter considered the traditional method - and studies in test day records of milk yields (TD), by means of autoregressive and repeatability models, which were also compared with the traditional method. Also, the possibility of the incorporation of lactations with non-conventional drying off causes (death or separation of the calf, illness, death or sale of the cow and removal of the cow from the official milk control) and the genetic relationship of proven bulls with the population in order to provide subsidies for the selection of young bulls for the progeny test was studied. In the edition of the data file, only the first three lactations were retained, also eliminating lactations whose first calving was outside the range of 24 and 66, 36 and 84, 48 and 102 months for the first, second and third parity orders, respectively. Controls whose production were below or above 3.5 standard deviations from the average in the test day were eliminated. Lactations with three or fewer controls were also excluded. Likewise, there was a minimum of three lactations for each class of fixed effect. The fixed effects included in the models varied according to the analysis, and may contain the herd-calving year, birth month or month and year of the test, parity or class of days in milk nested in parity order, number of milkings and management conditions. In the case of the analysis with TD, the tests were grouped into 31 classes of days in milk (by parity order), with the first class comprising the yields produced between the 6th and 10th day, the second of the 11th to 20th day and so on successively at intervals of 10 days where the last class only had yields produced between 301 and 305 lactation days. On average, each cow presented eight tests per lactation, regardless of parity. Except for the file with the non conventional drying off causes, which used 140,369 TD records of 17,733 lactations of 10,900 cows, the other files analyzed used the PL305 of 15,065 lactations or their respective 125,191 TD records from 9,242 cows. The cows calving occurred between 1983 and 2009 from Gyr cows subjected to two or three milkings, at three different levels of management: extensive (grass production), semiextensive (grass production with concentrate supplement) and intensive (confined animals and/or with galactogenic substance use). A recursive algorithm was used to reduce the pedigree file of 50,371 to 17,483 animals that were considered informative, starting from the output file of 10,900 cows and looking for all of their ancestors who were connected to at least two animals in the database. Genetic evaluations were made using MTDFREML system programs (repeatability models), REMLF90 (random regression model) and MATLAB routines (autoregressive model). Using the first three lactations of PL305, the random regression model can be used as an alternative to enhance the accuracy of genetic evaluations, providing higher estimates of heritability (0.26 to 0.28), predicted similar genetic merits (correlations above 0.97) and high coincidence between the selected animals (above 92%) compared with the traditional model of repeatability. Using the TD milk yields in the first three lactations, the autoregressive model provided smaller residual variances, a higher additive genetic variance and higher heritability estimates (0.26 to 0.32), and predicted genetic merit with greater accuracy being a recommended alternative for the genetic evaluation of the Dairy Gyr, compared to the repeatability model, which used both the TD as well as the PL305, whose heritability estimates were 0.18 and 0.24, respectively. In this sense, the use of an autoregressive model, by examining the daily milk yields, allows better use of the data and the inclusion of lactations not traditionally used in genetic evaluation, which can increase the accuracy of predicted genetic merits (in general, averaging 5%) without, however, generating major changes in the classification of the evaluated animals (in the full file, sample and rank correlations above 95%). Finally, the estimated average inbreeding coefficient for the active population of Dairy Gyr was 1.04%, indicating a trend of the more inbred animals not staying in their herds. Using the averagerelatedness coefficient of bulls with the population could prevent the increase of inbreeding in Gyr breed, to help in selection of candidates for the progeny test from lines less represented in PNMGL.
Palavras-chave: Modelo de regressão aleatória
Modelo autoregressivo
Modelo de repetibilidade
Gir leiteiro
Endogamia
Random regression models
Autoregressive model
Repeatability model
Gyr cattle
Inbreeding
CNPq: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::ZOOTECNIA::GENETICA E MELHORAMENTO DOS ANIMAIS DOMESTICOS
Idioma: por
País: BR
Editor: Universidade Federal de Viçosa
Sigla da Instituição: UFV
Departamento: Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me
Programa: Doutorado em Genética e Melhoramento
Citação: REIS FILHO, João Cruz. Alternatives for genetic evaluation in gyr cattle. 2009. 101 f. Tese (Doutorado em Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, 2009.
Tipo de Acesso: Acesso Aberto
URI: http://locus.ufv.br/handle/123456789/1309
Data do documento: 20-Nov-2009
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