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Tipo: Tese
Título: Meta-Analysis of Data from Quantitative Trait Loci Mapping Studies on Pig Chromosome 4
Título(s) alternativo(s): Meta-análise de dados a partir de estudos de mapeamento de locos de características quantitativas no cromossomo 4 de suínos
Autor(es): Silva, Kleibe de Moraes
Primeiro Orientador: Lopes, Paulo Sávio
Primeiro coorientador: Guimarães, Simone Eliza Facioni
Segundo coorientador: Torres, Robledo de Almeida
Primeiro avaliador: Arendonk, Johan A. M. Van
Segundo avaliador: Bastiaansen, John W. M.
Terceiro avaliador: Knol, Egbert Frank
Resumo: Over the last decades, there has been an enormous increase in knowledge of the genomes of livestock species. Genetic maps of livestock genomes have been applied in several linkage studies. The approach to identify genomic regions that harbor genes affecting the distribution of a measurable trait in a mapping population is termed quantitative trait loci analysis (QTL). As a result, a large number of studies involving QTL analysis has been published on growth, carcass, meat quality and reproduction traits in pigs. Among detected QTL, a large number has been found on chromosome 4 and presents similar results between different QTL studies. The first part of this work presents a chromosome-wide scan for quantitative trait loci in a cross between Piau breed and commercial lines on chromosome 4. Traits related to carcass, growth and quality were measured. In total we identified 11 QTL that reached chromosome and genome-wide significance. The most significant QTL were detected to carcass and a strong candidate gene is the FAT region. In the second part of this work, the meta-analysis was performed using data from public datasets available online. Even though multiple independent studies have found QTL for the same trait on the same chromosome, their estimated position and effects show a sometimes large amount of variation among different studies. The metaanalysis was performed for individual traits, for traits correlated to loin yield and for trait sorted into three categories with the aim to improve the power and accuracy in detecting QTL and narrowing the confidence intervals. The metaanalysis approach reduced the number of QTL compared to the number of initial QTL and also reduced the confidence interval compared to confidence interval from individual studies. The meta-analysis approach using published data from independent mapping experiments provided an improvement in the accuracy. However, the gains in accuracy did not by themselves provide gene level resolution of QTL, but could serve as a preliminary step to select a very small and manageable number of genes for follow up studies.
Abstract: Nas últimas décadas houve um grande aumento no conhecimento do genoma das espécies animais. A identificação de diversos tipos de marcadores e a construção de mapas genéticos possibilitou a realização de vários estudos de ligação. Como resultado, um grande número de estudos em suínos tem sido publicado com QTL envolvidos nas características de crescimento, carcaça, qualidade da carne e reprodutivas. Entre os QTL, vários foram identificados no cromossomo 4. A primeira parte deste estudo apresenta um estudo de ligação no cromossomo 4 suíno para várias características em um cruzamento entre machos da raça naturalizada brasileira Piau e fêmeas de linha comercial (Large White x Landrace x Piétrain). Características relacionadas com crescimento, carcaça e qualidade da carne foram medidas. No total foram identificados 11 QTL ao nível cromossômico e genômico. Os QTL mais significativos foram detectados para característica de carcaça na região FAT. Na segunda parte deste estudo, meta-análise foi realizada utilizando diversos QTL presentes em banco de dados disponíveis online, além dos identificados na primeira parte deste trabalho. Apesar de vários estudos relatarem a existência de QTL para uma característica específica no mesmo cromossomo, a posição estimada dos QTL tem variado consideravelmente entre os diferentes estudos. Sendo assim, objetivou-se melhorar as estimativas de posição dos QTL e a redução dos intervalos de confiança. Para isso,meta-análise foi realizada para características individuais, para características correlacionadas com o rendimento de lombo e para inúmeras características as quais puderam ser classificadas em três categorias. Observou-se que a meta-análise melhorou as estimativas de posição e reduziu o intervalo de confiança dos QTL quando comparados com os estudos iniciais. Entretanto, apesar dos ganhos nas estimativas de posição, a meta-análise por si só não forneceu a resolução suficiente para detecção de genes, mas pode servir como um passo preliminar para selecionar um número menor de genes candidatos presentes nas regiões de QTL para a realização de outros estudos.
Palavras-chave: Microsatellites
Genetic evaluation
F2 design
Microssatélites
Avaliação Genética
Delineamento F2
CNPq: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::ZOOTECNIA::GENETICA E MELHORAMENTO DOS ANIMAIS DOMESTICOS
Idioma: eng
País: BR
Editor: Universidade Federal de Viçosa
Sigla da Instituição: UFV
Departamento: Genética e Melhoramento de Animais Domésticos; Nutrição e Alimentação Animal; Pastagens e Forragicul
Programa: Doutorado em Zootecnia
Citação: SILVA, Kleibe de Moraes. Meta-análise de dados a partir de estudos de mapeamento de locos de características quantitativas no cromossomo 4 de suínos. 2009. 63 f. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Animais Domésticos; Nutrição e Alimentação Animal; Pastagens e Forragicul) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, 2009.
Tipo de Acesso: Acesso Aberto
URI: http://locus.ufv.br/handle/123456789/1755
Data do documento: 18-Nov-2009
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