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https://locus.ufv.br//handle/123456789/4722
Tipo: | Dissertação |
Título: | Variação intragenômica de rDNA em Carapichea ipecacuanha (Rubiaceae): evolução em concerto incompleta e pseudogenes |
Título(s) alternativo(s): | Intragenomic variability of rDNA in Carapichea ipecacuanha (Rubiaceae): incompleted concerted evolution and pseudogenes |
Autor(es): | Queiroz, Camila de Sousa |
Primeiro Orientador: | Oliveira, Luiz Orlando de |
Primeiro coorientador: | Yotoko, Karla Suemy Clemente |
Segundo coorientador: | Santos, Jorge Abdala Dergam dos |
Primeiro avaliador: | Salomão, Tânia Maria Fernandes |
Segundo avaliador: | Fietto, Juliana Lopes Rangel |
Abstract: | A investigação da variação intra-individual do cistron de rDNA ITS em Carapichea ipecacuanha foi realizada a partir de seqüenciamento direto de fragmentos de PCR de 26 indivíduos e do seqüenciamento de 240 clones, representando outros 51 indivíduos. As estruturas secundárias das regiões 5.8S e ITS2 apresentam as configurações típicas presentes em angiospermas respectivamente em 20 e 48 haplótipos encontrados. A comparação com os motivos conservados em angiospermas e as estruturas secundárias obtidas para a região 5.8S, indicadores mais confiáveis da funcionalidade das seqüências em C. ipecacuanha, permitiram a identificação de 13 pseudogenes entre os 26 haplótipos de 5.8S encontrados. A análise da estrutura secundária do ITS2 adicionou um haplótipo ao conjunto de pseudogenes. A perda de funcionalidade em alguns haplótipos deve ser mais antiga do que em outros em razão do acúmulo de maior número de substituições e da formação de grupos de pseudogenes pertencentes a populações distintas. The investigation of intra-individual variation of the rDNA cistron ITS in Carapichea ipecacuanha was made from direct sequencing of 26 individuals and from sequencing of 240 clones, representing another 51 individuals. The secondary structures of 5.8S and ITS2 regions show the typical configurations present in angiosperms respectively for 20 and 48 haplotypes. The comparison with the conserved motifs in angiosperms and the secondary structures obtained for the 5.8S region, the most reliable markers of functional sequences in C. ipecacuanha, allowed the identification of 13 pseudogenes among 26 haplotypes of 5.8S. The analysis of the secondary structure of ITS2 added one haplotype to the set of pseudogenes. The loss of functionality in some haplotypes has occurred prior to the others copies due to the accumulation of a larger number of substitutions and the formation of groups of pseudogenes that belong to distinct populations. |
Palavras-chave: | Carapichea ipecacuanha ITS Variação intragenômica Estrutura secundária Pseudogenes Carapichea ipecacuanha ITS Intragenomic variation Secondary structures Pseudogenes |
CNPq: | CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA MOLECULAR E DE MICROORGANISMOS |
Idioma: | por |
País: | BR |
Editor: | Universidade Federal de Viçosa |
Sigla da Instituição: | UFV |
Departamento: | Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me |
Citação: | QUEIROZ, Camila de Sousa. Intragenomic variability of rDNA in Carapichea ipecacuanha (Rubiaceae): incompleted concerted evolution and pseudogenes. 2010. 42 f. Dissertação (Mestrado em Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, 2010. |
Tipo de Acesso: | Acesso Aberto |
URI: | http://locus.ufv.br/handle/123456789/4722 |
Data do documento: | 24-Fev-2010 |
Aparece nas coleções: | Genética e Melhoramento |
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