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Tipo: Dissertação
Título: Variação intragenômica de rDNA em Carapichea ipecacuanha (Rubiaceae): evolução em concerto incompleta e pseudogenes
Título(s) alternativo(s): Intragenomic variability of rDNA in Carapichea ipecacuanha (Rubiaceae): incompleted concerted evolution and pseudogenes
Autor(es): Queiroz, Camila de Sousa
Primeiro Orientador: Oliveira, Luiz Orlando de
Primeiro coorientador: Yotoko, Karla Suemy Clemente
Segundo coorientador: Santos, Jorge Abdala Dergam dos
Primeiro avaliador: Salomão, Tânia Maria Fernandes
Segundo avaliador: Fietto, Juliana Lopes Rangel
Abstract: A investigação da variação intra-individual do cistron de rDNA ITS em Carapichea ipecacuanha foi realizada a partir de seqüenciamento direto de fragmentos de PCR de 26 indivíduos e do seqüenciamento de 240 clones, representando outros 51 indivíduos. As estruturas secundárias das regiões 5.8S e ITS2 apresentam as configurações típicas presentes em angiospermas respectivamente em 20 e 48 haplótipos encontrados. A comparação com os motivos conservados em angiospermas e as estruturas secundárias obtidas para a região 5.8S, indicadores mais confiáveis da funcionalidade das seqüências em C. ipecacuanha, permitiram a identificação de 13 pseudogenes entre os 26 haplótipos de 5.8S encontrados. A análise da estrutura secundária do ITS2 adicionou um haplótipo ao conjunto de pseudogenes. A perda de funcionalidade em alguns haplótipos deve ser mais antiga do que em outros em razão do acúmulo de maior número de substituições e da formação de grupos de pseudogenes pertencentes a populações distintas.
The investigation of intra-individual variation of the rDNA cistron ITS in Carapichea ipecacuanha was made from direct sequencing of 26 individuals and from sequencing of 240 clones, representing another 51 individuals. The secondary structures of 5.8S and ITS2 regions show the typical configurations present in angiosperms respectively for 20 and 48 haplotypes. The comparison with the conserved motifs in angiosperms and the secondary structures obtained for the 5.8S region, the most reliable markers of functional sequences in C. ipecacuanha, allowed the identification of 13 pseudogenes among 26 haplotypes of 5.8S. The analysis of the secondary structure of ITS2 added one haplotype to the set of pseudogenes. The loss of functionality in some haplotypes has occurred prior to the others copies due to the accumulation of a larger number of substitutions and the formation of groups of pseudogenes that belong to distinct populations.
Palavras-chave: Carapichea ipecacuanha
ITS
Variação intragenômica
Estrutura secundária
Pseudogenes
Carapichea ipecacuanha
ITS
Intragenomic variation
Secondary structures
Pseudogenes
CNPq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA MOLECULAR E DE MICROORGANISMOS
Idioma: por
País: BR
Editor: Universidade Federal de Viçosa
Sigla da Instituição: UFV
Departamento: Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me
Programa: Mestrado em Genética e Melhoramento
Citação: QUEIROZ, Camila de Sousa. Intragenomic variability of rDNA in Carapichea ipecacuanha (Rubiaceae): incompleted concerted evolution and pseudogenes. 2010. 42 f. Dissertação (Mestrado em Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, 2010.
Tipo de Acesso: Acesso Aberto
URI: http://locus.ufv.br/handle/123456789/4722
Data do documento: 24-Fev-2010
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