Use este identificador para citar ou linkar para este item: https://locus.ufv.br//handle/123456789/5295
Tipo: Dissertação
Título: Análise de região codificadora de rRNA de Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20: Filogenia e presença de seqüência de inserção putativa
Título(s) alternativo(s): Analysis of Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20: Phylogeny and Presence of a Putative Insertion Sequence
Autor(es): Floresta, Fernanda Arruda
Primeiro Orientador: Moraes, Célia Alencar de
Primeiro avaliador: Queiroz, Marisa Vieira de
Segundo avaliador: Barros, Everaldo Gonçalves de
Terceiro avaliador: Tótola, Marcos Rogério
Quarto avaliador: Passos, Flávia Maria Lopes
Abstract: O estudo de filogenia baseado em seqüências de rDNA de Lactobacillus UFV H2b20 mostrou que esse microrganismo foi agrupado entre as subespécies de Lactobacillus delbrueckii. Este resultado confirma a nova classificação do isolado, baseada na hibridização DNA-DNA. A análise das substituições de bases mostra que a maioria é causada pela desaminação da 5-metilcitosina, o que causa uma transição GC/AT. A técnica PCR-DGGE de L. delbrueckii UFV H2b20 demonstrou resultados satisfatórios na análise de polimorfismos do operon rrn em microrganismos isolados. Foram encontradas cinco bandas diferentes para o L. delbrueckii UFV H2b20, confirmando a presença de cinco cópias distintas do rDNA 16S nesse microrganismo e possivelmente seis no total. O isolado L. delbrueckii UFV H2b20 apresentou um perfil de bandas diferente das outras linhagens de Lactobacillus, o que poderá ser utilizado para diferenciá-lo dos demais, uma vez que outros métodos baseados em PCR, como RAPD, mostram-se pouco discriminatórios. A análise das seqüências da região do rDNA 16S revelou uma seqüência de inserção putativa, de 915 pb, que foi caracterizada e denominada ISLdH2b20. Ela apresenta uma única ORF e codifica uma transposase putativa que apresenta homologia com a transposase de ISL5. Todos os elementos característicos de uma IS foram identificados bem como as seqüências regulatórias putativas da transposase.
Phylogenetic analysis of Lactobacillus UFV H2b20 based on the 16S rDNA sequence positions this isolate among the Lactobacillus delbrueckii subspecies. It confirms the classification by DNA/DNA hybridization. Comparisons of the substituted bases along the 16S rDNA sequence show that most are probably caused by 5-methylcytosine deamination that results in GC/AT transition. Presence of polymorphic copies of the 16S rRNA gene in Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20 were confirmed by PCR-DGGE. Five distinct bands of rDNA amplified sequences confirm at least five different copies of the gene. The intensity of one of the bands allows the inference of two identical copies. The DGGE profile of this isolate was different from those of other L. delbrueckii strains, providing a mean to distinguish it in mixed cultures. Analysis of the nucleotide sequences along the rDNA region revealed the presence of putative insertion sequences. One of them, 915 bp long, was characterized and denominated ISLdH2b20. It presents a single ORF that encodes a putative transposase with some homology to the one of ISL5 of L. delbrueckii subsp. bulgaricus. All the characteristic elements of an IS were located as well as the putative regulatory sequences of the transposase.
Palavras-chave: Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20
Identificação
Taxonomia
Análise filogenética
rDNA 16S
Seqüência de inserção putativa
Análise em gel de gradiente de desnaturação (DGGE)
Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20
Identification
Taxonomy
Phylogenetic analysis
rDNA 16S
Putative Insertion Sequence
PCR-DGGE
CNPq: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::FITOSSANIDADE::MICROBIOLOGIA AGRICOLA
Idioma: por
País: BR
Editor: Universidade Federal de Viçosa
Sigla da Instituição: UFV
Departamento: Associações micorrízicas; Bactérias láticas e probióticos; Biologia molecular de fungos de interesse
Programa: Mestrado em Microbiologia Agrícola
Citação: FLORESTA, Fernanda Arruda. Analysis of Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20: Phylogeny and Presence of a Putative Insertion Sequence. 2003. 69 f. Dissertação (Mestrado em Associações micorrízicas; Bactérias láticas e probióticos; Biologia molecular de fungos de interesse) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, 2003.
Tipo de Acesso: Acesso Aberto
URI: http://locus.ufv.br/handle/123456789/5295
Data do documento: 31-Mar-2003
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