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Tipo: Dissertação
Título: Identificação e validação de marcadores moleculares indel e SNP para lipoxigenases de sementes de soja
Título(s) alternativo(s): Identification and validation of indel and SNP molecular markers for soybean seed lipoxygenases
Autor(es): Silva, Danielle Fernandes da
Primeiro Orientador: Moreira, Maurílio Alves
Primeiro coorientador: Barros, Everaldo Gonçalves de
Segundo coorientador: Oliveira, Luiz Orlando de
Primeiro avaliador: Miranda, Fábio Demolinari de
Segundo avaliador: Schuster, Ivan
Terceiro avaliador: Moraes, Rita Maria Alves de
Abstract: A degradação oxidativa dos ácidos graxos da fração óleo de soja, que ocorre durante o processamento dos grãos, desenvolve o sabor de feijão cru que altera a palatabilidade e conseqüentemente aceitabilidade dos produtos à base de soja, resultando em problemas para a indústria de alimentos. A enzima lipoxigenase (linoleato: O2 oxirredutase, EC 1.13.11.12), catalizadora dessa reação oxidativa, está presente na semente de soja sob a forma de três isoenzimas codificadas por três genes dominantes, Lox1, Lox2 e Lox3. A seleção assistida por marcadores moleculares é uma área que possui grande impacto dentro dos programas de melhoramento. Recentemente, uma nova classe de marcadores moleculares, denominados indel (Inserção/deleção) e SNP (Single Nucleotide Polymorphism), vem sendo utilizada. Estes se baseiam na detecção de polimorfismos resultantes da alteração de uma única base no genoma. A identificação de marcadores moleculares dentro dos genes que codificam as lipoxigenases poderá auxiliar na seleção de alelos recessivos que determinam a ausência de lipoxigenases na semente, acelerando assim o processo de melhoramento da soja. Os objetivos desse trabalho foram a confirmação e identificação de polimorfismos presentes nas seqüências dos genes que codificam as lipoxigenases 2 e 3, respectivamente; entre variedades, de origem genética distintas, utilizadas no Programa de Melhoramento da Qualidade da Soja-BIOAGRO/UFV e validação de alguns desses polimorfismos como marcadores moleculares. Um par de primers para a LOX2 e 14 pares de primers desenhados para amplificar todo o gene da LOX3, foram utilizados para a obtenção dos fragmentos dos genes. As seqüências foram obtidas a partir do seqüenciamento direto dos produtos de PCR de cada par de primer. Posteriormente, uma população de RILs contrastantes para presença/ausência das lipoxigenases das sementes, foi utilizada para a validação de dois SNPs como marcadores dos genes LOX 2 e um indel como marcador para LOX 3. O método de genotipagem usado foi o seqüenciamento direto dos fragmentos que continham os polimorfismos em estudo. Dois SNPs para LOX 2 e o indel contido no primeiro éxon do gene LOX 3 co-segregaram com o caráter presença/ausência de LOX 2 e 3 respectivamente nos indivíduos da população de RILs. Esses polimorfismos têm potencial para serem utilizados como ferramentas no melhoramento da soja assistido por marcadores moleculares.
The oxidative degradation of fatty acids from soybean oil fraction, that occurs during the grain processing, develop a flavor of unripe been that modify the palatability and therefore the acceptability of soybean products, resulting in problems for the food industry. The enzyme lipoxygenases (linoleate: O2 oxidoreductase, EC 1.13.11.12), that catalyses this oxidation reaction, are present in soybean seed in the three isozyme forms encoded by three dominant genes, Lox1, Lox2 and Lox3. The selection assisted by molecular markers is an area that has great impact within breeding programs. Recently, a new class of molecular markers, called indel (insertion / deletion) and SNP (Single Nucleotide Polymorphism) have been used. These are based on detection of polymorphisms by the change of a single base in the genome. The identification of molecular markers within the genes encoding lipoxygenase may help in the selection of recessive alleles that determine the absence of lipoxygenase in the seed, accelerating the process of soybean breeding. The objective of this study was verify and identify the polymorphisms in the sequences of genes Lox2 and Lox3, respectively, between varieties of different genetic origin used in the Program of Improvement and quality of Soybean at BIOAGRO/UFV, and tovalidate some of these polymorphisms as molecular markers. A pair of primers for LOX2 and 14 pairs of primers designed to amplify the entire gene LOX3 were used to obtain genes fragments. The sequences were obtained from the direct sequencing of PCR products from each primer pair. Subsequently, a population of RILs contrasting for the presence / absence of seed lipoxygenases, were used for the validation of two SNPs as markers for genes Lox 2 and a indel marker for LOX 3. The genotyping method used was the direct sequencing of fragments that contained the polymorphisms studied. Two SNPs for LOX 2 and the indel contained in the first exon of the gene LOX 3 were co- segregated with the character presence/absence of LOX 2 and 3 respectively in the individuals of the population of RILs. These polymorphisms have the potential to be used as tools in soybean breeding assisted by molecular markers.
Palavras-chave: Marcadores moleculares
Lipoxigenases
Soja
Molecular markers
Lipoxygenases
Soybean
CNPq: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::FITOTECNIA::MELHORAMENTO VEGETAL
Idioma: por
País: BR
Editor: Universidade Federal de Viçosa
Sigla da Instituição: UFV
Departamento: Bioquímica e Biologia molecular de plantas; Bioquímica e Biologia molecular animal
Programa: Mestrado em Bioquímica Agrícola
Citação: SILVA, Danielle Fernandes da. Identification and validation of indel and SNP molecular markers for soybean seed lipoxygenases. 2009. 78 f. Dissertação (Mestrado em Bioquímica e Biologia molecular de plantas; Bioquímica e Biologia molecular animal) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, 2009.
Tipo de Acesso: Acesso Aberto
URI: http://locus.ufv.br/handle/123456789/2411
Data do documento: 6-Jul-2009
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