Valuation of methodologies for mapping oligogenic trait loci in Recombinat Inbred Lines (RILs)

Abstract

The present work aimed to compare the efficiencies of the Oligogenic Trait Mapping Method (OTMM) and Interval Method (IM) for detecting oligogenic trait loci (OTL) in Recombinant Inbred Line (RIL) populations of different sizes. Populations consisting of 200, 500 and 1,000 individuals were employed and 100 repetitions performed for each population size. Four characteristics were evaluated: C1, determined by two genes with 50 and 30% effects on expression of the characteristic; C2, governed by three genes with 50, 20 and 10% effects; C3, regulated by two genes, each with 40% effect; and C4, controlled by two genes, each with 50% effect. The IM was efficient at detecting OTL in all evaluated characteristics; however, for characteristics determined by two genes with effects between 40 and 50%, the OTMM was more efficient at detecting and localizing OTL in simulated marks. In contrast, the IM method was more efficient at detecting and localizing OTL in simulated marks when the gene effect ranged from 10 to 30%. As a result, because oligogenic characteristics are governed by genes with greater effects, the OTMM was considered the most efficient method to be used for this type of characteristic.

O presente trabalho teve como objetivo comparar a eficiência do Método de Mapeamento de características Oligogênicas (OTMM) e Método por Intervalo (IM) para a detecção de locos de características oligogênica (OTL) em linhagens endogâmicas recombinantes (RILs) de diferentes tamanhos. Foram utilizadas populações constituídas por 200, 500 e 1000 indivíduos e utilizou-se 100 repetições para cada tamanho da população. Quatro características foram avaliadas: C1, determinada por dois genes com 50 e 30% de efeitos sobre a expressão da característica; C2, governada por três genes, com 50, 20 e 10% de efeitos; C3, regulada por dois genes, cada um com 40% de efeito, e C4, controlada por dois genes, cada um com efeito de 50%. O IM foi eficiente na detecção de OTL em todas as características avaliadas, no entanto, para as características determinadas por dois genes com efeitos entre 40 e 50%, o OTMM foi mais eficiente na detecção e localização de OTL das marcas simuladas. O método de MI foi mais eficiente na detecção e localização de OTL nas marcas simulados, quando o efeito do gene variaram de 10 a 30%. Como as características oligogênica são governados por genes com maiores efeitos, a OTMM foi considerado o método mais eficiente para ser usado para este tipo de característica.