Diversidade genética de isolados de Geotrichum spp. associados a podridões pós-colheita em frutas e hortaliças no Brasil

Abstract

A podridão azeda causada pelo fungo Geotrichum é uma doença pós- colheita que ocorre em frutas e hortaliças. Visando caracterizar a diversidade genética de Geotrichum sp. para a escolha de estratégias de controle eficientes, este trabalho tem o objetivo de avaliar diferentes marcadores ISSRs e IRAPs para determinação da diversidade intra específica de Geotrichum. No total, 62 isolados de locais geograficamente distintos e diferentes hospedeiros foram utilizados neste estudo. Para a análise de diversidade genética, o DNA genômico foi extraído a partir do micélio. A região parcial dos genes que compreende o ISSR e transposon foram amplificadas usando sete oligonucleotídeos. A partir dos perfis de bandas foi construída uma matriz binária a qual foi adicionada ao software PAST3 onde o índice de similaridade de Jaccard foi calculado para cada combinação de duas amostras. Os dendrogramas foram construídos com base na matriz de similaridade de acordo com o método das médias aritméticas de grupos não ponderados (UPGMA- unweighted pair group method with arithmetic averages). Em todos marcadores moleculares analisados foram encontrados pelo menos um clado representado por dois ou mais isolados que apresentaram perfis idênticos. Existe uma tendência de isolados de um mesmo hospedeiro ou região geográfica serem semelhantes quando foi utilizado diferentes marcadores moleculares. Não houve semelhança entre os isolados quando os oligonucleotídeos IRAPs e microssatélites foram comparados pois o número de clados formados pelos marcadores IRAPS foram menores. Geotrichum possui grande diversidade genética e, portanto, pode permitir a este patógeno uma melhor adaptabilidade às condições ambientais e a diferentes hospedeiros.

The sour rot caused by fungus Geotrichum genus is a disease that occurs in fruits and vegetables. In order to characterize the genetic diversity of Geotrichum sp. for the choice of efficient control strategies, this study aims to evaluate different ISSRs and IRAPs markers for determination of intraspecific diversity of Geotrichum. A total of 62 isolates from geographically different locations and different hosts were used in this study. For the analysis of genetic diversity, genomic DNA was extracted from the mycelium. The partial region of the genes comprising the ISSR and transposon were amplified using seven primers. From the bands profiles was built a binary matrix which were added to PAST3 software where the Jaccard similarity index was calculated for each combination of two samples. The dendrograms were constructed based on the similarity matrix according to the method of arithmetic averages of unweighted groups (UPGMA- unweighted pair group method with arithmetic averages). In all molecular markers analyzed were found at least one clade represented by two or more isolates that showed identical profiles. Strains not grouped according to the town which were isolated. There is a tendency of isolates from the same host or geographic region are similar when we used different molecular markers. There were not similarities between the isolated when IRAPs and microsatellite primer were compared because the number of clades formed by IRAPS markers were lower. Geotrichum has high genetic diversity and therefore may allow the pathogen better adaptability to environmental conditions and the different hosts.