Detecção de locos de características quantitativas nos cromossomos 9 e 10 de suínos

Abstract

QTL são associações estatísticas entre dados relativos a uma região genômica e a variabilidade fenotípica existente entre populações segregantes. Para identificação e avaliação dos efeitos de tais associações, foi feito o mapeamento dos cromossomos 9 e 10 de suínos pertencentes a uma população F2, oriunda do cruzamento entre as raças Piau e Comercial (Landrace X Large White X Pietrain), composta por 714 animais. A população foi avaliada em relação a características de desempenho, carcaça, órgãos e vísceras, cortes de carcaça e qualidade da carne. Foram estudados um total de 9 locos microssatélites distribuídos nos cromossomos, sendo seis localizados no cromossomo 9 e três no cromossomo 10. Os locos foram avaliados em relação à freqüência alélica, heterozigosidade observada, heterozigosidade esperada e conteúdo de informação polimórfica, sendo que aqueles considerados informativos foram utilizados na construção dos mapas de ligação, a partir do programa CRIMAP versão 2.4. A ordem dos marcadores no presente mapa foi semelhante àquela apresentada pelo mapa do USDA-MARC. No entanto, os mapas médios entre sexos dos cromossomos 9 e 10 obtidos no presente estudo possuem comprimentos superiores, respectivamente, 27,75% e 124,60% em relação aos mapas do USDA-MARC. As análises de associação foram feitas utilizando mapeamento de intervalo por regressão para detecção de QTL, com o auxílio do programa QTL EXPRESS. Foram detectados três QTL significativos ao nível cromossômico no cromossomo 9 para peso total do carré (P<0,01), peso do lombo (P<0,05) e comprimento total do intestino delgado (P<0,05), respondendo, respectivamente, por 6,7%, 4,0% e 4,9% da variação fenotípica. No cromossomo 10, foram detectados dois QTL significativos ao nível cromossômico para maior espessura de toucinho na região da copa, na linha dorso-lombar (P<0,05) e índice de vermelho (P<0,05), ambos respondendo por 2,4% da variação fenotípica, e um QTL significativo ao nível genômico para peso de fígado (P<0,01), respondendo por 6,9% da variação fenotípica. As informações dos QTL significativos encontrados servem para estudos futuros como o mapeamento fino e a identificação de genes que ajudem no melhor entendimento da fisiologia e das características de produção de suínos.

QTL are statistical associations of a genomic region and the phenotypic variation between segregating populations. The variation in a quantitative trait of interest can be related with the genotype of a molecular marker if this marker is close and linked to quantitative trait loci (QTL). To identify these associations, the mapping of chromosomes 9 and 10 was conducted in a F2 population composed of 714 animals derived from Piau X Commercial (Large White Landrace X Pietrain) crosses. The population was evaluated by performance, carcass, internal organs, viscera, carcass cuts and meat quality traits. Six microsatellites loci on chromosome 9 and three microsatellites loci on chromosome 10 were studied. The loci were analyzed for genic frequency, observed heterogosity, expected heterozigosity and polymorphic information content. Linkages maps were also constructed through the CRIMAP 2.4 program for the informative markers. The orders of all microsatellite loci were in accordance with the published USDA-MARC map. However, sex average maps of chromosomes 9 and 10 were, respectively, 27.75% and 124.60% longer than the published USDA-MARC. Association analyses were performed using interval mapping by regression for QTL detection. Three significant QTL to chromosomal levels were detected on chromosome 9 for total (bone-in) loin weight (P<0.01), boneless loin weight (P<0.05) and small intestine length (P<0.05), responding, respectively, by 6.7%, 4.0% and 4.9% of phenotypic variance. Two significant QTL to chromosomal levels have been detected on chromosome 10 for higher backfat thickness on the shoulder region (P<0.05) and redness (P<0.05), both responding by 2.4% of phenotypic variance and one significant QTL to genomic level for liver weight (P<0.01) responding by 6.9% of phenotypic variance. The generated information of significant QTL will be useful for future studies dealing with fine mapping and identification of genes that could provide a better understanding of physiology and production traits of pigs.