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Tipo: Dissertação
Título: Validating genome association studies for meat quality and carcass traits in pigs through gene networks and meta-analysis
Validação estudos de associação genômica para qualidade de carne e características de carcaça em suínos através de redes gênicas e meta-análise
Autor(es): Duarte, Darlene Ana Souza
Abstract: A large number of quantitative trait loci (QTLs) for meat quality and carcass traits has been identified in several studies, but the genetic architecture remains poorly understood. Thus, a methodology that allows study genes and pathways that affect these traits would offers many advantages and increase the knowledge of physiological mechanisms. With this purpose, a methodology named Association Weight Matrix (AWM) was used to investigate the genetic basis of these traits and generate gene network based on the co-association of pair-wise SNPs across phenotypes. We performed genome association studies for 12 traits and 144 SNPs was found to be significant. A meta-analysis was performed to validate the results obtained in the genome association study in this present study. Some significant SNPs found in the genome association studies of this work are close to QTLs findings in the studies from meta-analysis. Therefore the results from meta-analysis corroborated those of the genome association studies of the present work. The significant SNPs from genome association studies were selected to build the AWM. Through this methodology, we could found 45 genes, these genes were used to build a gene network based on pairwise correlations between them. Besides, we identified 25 transcription factors (TF) strongly related (p-value<0.001) with genes in the network. The top three TF (Sox5, Nkx2- 5 and T) were choosing for construction of a network with their pathways and gene ontology. The genes from network and associated with this TF were involved in metabolism of adipose tissue and skeletal muscle. Our results suggest that genes and TF identified here are important in the control of meat quality and carcass traits. However, further efforts should be made in order to study in more detail the new gene-gene interactions here identified, as well as, the key transcription factors and pathways involved in these traits.
Um grande número de locus de características quantitativas (QTLs) para qualidade de carne e carcaça tem sido identificado em diversos estudos, mas a arquitetura genética envolvida nessas características ainda é pouco compreendida. Dessa forma, uma metodologia que permite estudar genes e vias que afetam essas características oferece vantagens e aumenta o conhecimento dos mecanismos fisiológicos. Com esta finalidade, uma metodologia chamada Matriz de Pesos de Associação (AWM) foi utilizado para investigar a base genética dessas características e gerar redes gênicas com base na co- associação de pares de SNPs através dos fenótipos. Foi realizado estudos de associação genômica para 12 características e 144 SNPs foram significativos. Uma meta-análise foi realizada para validar os resultados obtidos no estudo de associação genômica do presente estudo. Alguns SNPs significativos encontrados nos estudos de associação genômica deste trabalho estão perto de QTLs achados nos estudos usados na meta-análise. Portanto, os resultados da meta-análise corroboram os resultados do estudo de associação genômica do presente trabalho. Os SNPs considerados significativos nos estudos de associação genômica foram selecionados para a construção da AWM. Através dessa metodologia, foi possível encontrar 45 genes e estes foram usados para a construção de uma rede com base na correlação entre eles. Além disso, foram identificados 25 fatores de transcrição (FT) fortemente relacionados (p <0,001) com os genes dessa rede. Os três top FT (Sox5, NKX2-5 e T) foram escolhidos para a construção de uma rede com suas vias e ontologia gênica. Os genes da rede e associado com os FT estão envolvidos no metabolismo do tecido adiposo e do músculo esquelético. Nossos resultados sugerem que os genes e FT identificados aqui são importantes no controle de características de qualidade de carne e carcaça. No entanto, esforços devem ser feitos a fim de estudar mais detalhadamente as novas interações gene-gene aqui identificados, bem como, os fatores de transcrição chave e vias envolvidas nestas características.
Palavras-chave: Genômica
Genes - Análise
Carne
Carcaça
CNPq: Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Editor: Universidade Federal de Viçosa
Citação: DUARTE, Darlene Ana Souza. Validating genome association studies for meat quality and carcass traits in pigs through gene networks and meta-analysis. 2015. 43 f. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa. 2015.
Tipo de Acesso: Acesso Aberto
URI: http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/6976
Data do documento: 20-Fev-2015
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